Die Gemeinde wurde 1352 erstmals urkundlich erwähnt. Der Hubertushirsch im früheren Wappen stellt eine Verbindung zum Ortsnamen dar. Der kleine Ort gehörte früher stets zum Gebiet der Stadt Bräunlingen und wurde 1846 zur selbständigen Gemeinde erhoben. Hubertshofen kam 1847 zum Amtsbezirk (später Landkreis) Donaueschingen und wurde am 1. Juli 1972 in die Stadt Donaueschingen eingemeindet.
Hubertshofen liegt über 800 m hoch und ist bereits dem Schwarzwald zuzurechnen. Über viele Jahre hinweg bildeten die 600 ha Gemarkungsfläche und der ca. 300 ha große Wald die Lebensgrundlage der Hubertshofener. Noch heute ist der Orts-Charakter land- und forstwirtschaftlich geprägt.
Die Höhenlage erlaubt in diesem Ortsteil nahezu ideale Bedingungen für Wintersportler. Drei verschieden lange Langlauf-Loipen
(die sog. Hubertusloipen) durchqueren eine reizvolle Winterlandschaft. Die ruhige Lage am Schwarzwaldrand, zahlreiche Wanderwege mit Ausblick über die Baarlandschaft locken viele Liebhaber der Natur nach Hubertshofen.
