Die erste urkundliche Erwähnung des Ortes geht auf das Jahr 1139 zurück. Oft wechselte im Laufe der Jahrhunderte Grüningen seine Besitzer. Noch im 19.Jh. bestand eine Vogtei Gruiningen.
Eine schwere Brandkatastrophe hat am 12. Sept. 1911 im Ort 18 Anwesen, - den historischen Teil des Ortes,- zerstört.
Am 1. Oktober 1936 kam Grüningen vom Amtsbezirk Villingen zum Amtsbezirk, dann 1939 Landkreis Donaueschingen und wurde am 1.1.1972 in die Stadt eingemeindet.
Grüningen liegt am Übergang der Baar in den Schwarzwald an den Berghängen beiderseits der Brigach, eingebettet in eine reizvolle Landschaft.
Wegen kunsthistorisch bedeutsamer Freskenmalereien steht sie unter Denkmalschutz. Dem Besucher des Dorfes bietet die auf dem höchsten Punkt gelegene Mauritiuskirche aus dem 13.Jh. ein weithin sichtbarer Blickfang.
Bedingt durch die günstige Nahverkehrsverbindung und den Strukturwandel der Landwirtschaft entwickelt sich das idyllische Bauerndorf im unteren Brigachtal mehr und mehr zu einer Wohngemeinde. Dies belegt eine kontinuierliche bauliche Weiterentwicklung.
