Das frühere Wappen der Gemeinde gibt Zeugnis über seine früheren Ortsherren: der Stern kommt aus dem Wappen der Freiherren von Hewen, die Farben Silber-blau auf deren Nachfolger, die Grafen von Lupfen und das Wolkenfeh stammt aus dem Wappen der Grafen von Fürstenberg, die den Ort 1488 erwarben. Aufen gehörte zum fürstlich fürstenbergischen Amtssitz Hüfingen und wurde bereits am 1. April 1935 in die Stadt Donaueschingen eingemeindet.
Der historische Ortsname - Aufheim - beschreibt die geographische Lage der oberhalb von Donaueschingen gelegenen Ansiedlung. Es liegt im Nordwesten der Kernstadt, abgelegen und, von dort aus gesehen, beinahe versteckt im unteren Brigachtal, hangseitig am linken Talrand gelegen. Seine ehemals stark geprägte ländliche und landwirtschaftliche Struktur hat einen starken Wandel erfahren - zahlreiche Neubauten weisen darauf hin, daß dieser Ort sich zu einer bevorzugten Wohngemeinde entwickelt hat. Trotz der räumlichen Nähe zu Donaueschingen und der sich daraus ergebenden vielfältigen Verflechtungen hat Aufen immer eine gewisse Eigenständigkeit bewahrt. Sichtbaren Ausdruck findet dies in einem sehr aktiven Vereinsleben.
